Het bestuur van de Waddenacademie bestaat uit de volgende leden:
Prof. dr. Jouke van Dijk (voorzitter sinds 1 augustus 2012, portefeuille sociale en ruimtelijke economie)
Hoogleraar Regionale Arbeidsmarktanalyse aan de Rijksuniversiteit Groningen.
Dr. Hessel Speelman (vice-voorzitter, portefeuille geowetenschap)
Projectdirecteur Vernieuwing Publieke Kennisinfrastructuur en voormalig directeur van het Nederlands Instituut voor Toegepaste Geowetenschappen TNO.
Prof. dr. Pavel Kabat (portefeuille Klimaat en Water en Internationalisering)
Directeur van het International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA) in Laxenburg (Oostenrijk) en hoogleraar Aardsysteemkunde en Klimaatstudies aan de Wageningen Universiteit en Researchcentrum.
Prof. dr. Jos Bazelmans (portefeuille cultuurhistorie)
Lid van de directie van de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed en bijzonder hoogleraar Archeologische Monumentenzorg aan de Vrije Universiteit Amsterdam.
Dr. Katja Philippart (portefeuille ecologie)
Onderzoeker bij het Koninklijk Nederlands Instituur voor Onderzoek der Zee (NIOZ).