De Waddenacademie speelt een agenderende, programmerende en informerende rol bij het onderzoek in de Waddenregio. De onderzoeksgebieden zijn: klimaatwetenschappen, ecologie, geologie, economie en sociaal-culturele onderwerpen. De Waddenacademie is een compacte, faciliterende organisatie met wetenschappelijk gezag.
De Waddenacademie wordt gefinancierd door het Waddenfonds. De Waddenacademie is er met name op gericht om de doelstelling 'het ontwikkelen van een duurzame kennishuishouding van het Waddengebied' van het Waddenfonds te realiseren.
De Waddenacademie bestaat uit vijf parttime bestuursleden. Het bestuur wordt ondersteund door een bureau, dat is gevestigd in het Huis voor de Wadden te Leeuwarden. De Waddenacademie wordt bijgestaan door een bestuurlijke adviesraad en een wetenschappelijke adviesraad.