De Waddenacademie heeft tot taak om de vraag naar kennis, het aanbod van kennis en de programmering van kennisontwikkeling beter op elkaar af te stemmen. De Waddenacademie geeft hieraan invulling door onder meer:
een bijdrage te leveren aan de afstemming van nationaal en internationaal onderzoek, onder andere door te adviseren over projecten die binnen het Waddenfonds worden ingediend en waaraan een kenniscomponent is verbonden.