Een van de taken van de Waddenacademie is het bevorderen van een samenhangende onderzoeksprogrammering op regionaal, nationaal en internationaal niveau. In dit kader is de rol die de Waddenacademie vervult binnen het Waddenfonds belangrijk. Het Waddenfonds is een fonds voor extra investeringen in projecten in en rond de Waddenzee op ecologisch en economisch gebied. Het Waddenfonds heeft een bedrag van 800 miljoen euro beschikbaar, dat met ingang van 2008 binnen een periode van 20 jaar wordt besteed.
Met ingang van 2010 heeft de Waddenacademie de taak om een zwaarwegend advies te geven over projecten die binnen het Waddenfonds worden ingediend en waaraan een kenniscomponent is verbonden.
Op de website van het waddenfonds is een overzicht beschikbaar van alle toegekende projecten.