De Waddenacademie heeft een Wetenschappelijke Adviesraad (WAR). De WAR heeft tot taak om de Waddenacademie gevraagd en ongevraagd van advies te dienen over de wetenschappelijke koers van het instituut. Ook zal het jaarprogramma van de Waddenacademie aan de WAR voor advies worden voorgelegd.
Prof.dr. Cees Buisman (wetenschappelijk directeur Wetsus)
Prof.dr. Henk Brinkhuis (directeur Koninklijk Instituut NIOZ)
Dr. Hein Haak (directeur Klimaat en Seismologie KNMI))
Prof.dr. Suzanne Hulscher (hoogleraar Waterbeheer UT)
Prof.dr. Goffe Jensma (hoogleraar Fries RUG)
Prof.dr. Jack Middelburg (directeur Darwin Centrum UU)
Prof.dr. Peter Nijkamp (universiteitshoogleraar VU)
Prof.dr. Reinier Salverda (directeur/bestuurder Fryske Akademy)
Dr. Martin Scholten (directeur Imares)
Prof.dr. Louise Vet (directeur NIOO)
Prof.dr. Huib de Vriend (directeur Deltares)
Prof.dr. Frans Zwarts (rector magnificus RUG)