Op 30 juli 2008 is de bestuurlijke adviesraad ingesteld. De raad houdt toezicht op de maatschappelijke en wetenschappelijke relevantie van de activiteiten van de Waddenacademie. De bestuurlijke adviesraad heeft op 8 oktober 2009 het raamwerkprogramma (pdf 282 kB) van de Waddenacademie voor de periode juli 2009 - januari 2011 vastgesteld. De voor de tweede helft van 2009 en voor 2010 voorziene activiteiten zijn afgeleid van de prioriteiten zoals die in de integrale kennisagenda zijn vastgesteld.
drs. Ed Nijpels (voorzitter)
prof. dr. Douwe Breimer
prof. dr. Franciscus Colijn
ir. Marius Enthoven
prof. dr. Taede Sminia