In 2009 publiceerde de Waddenacademie haar integrale kennisagenda, getiteld ‘Kennis voor een duurzame toekomst van de Wadden’. Doel van de kennisagenda was om zichtbaar te maken op welke terreinen kennis van het waddengebied node wordt gemist en het had ook de ambitie om richting te geven aan nieuw onderzoek. De kennisagenda werd ondersteund door een serie verkenningen.
De kennisagenda werd op zaterdag 30 mei 2009 door Pavel Kabat (toenmalig voorzitter Waddenacademie) overhandigd aan de toenmalige bewindslieden Cramer, Verburg en Huizinga tijdens de Waddentoogdag in Delfzijl.
In 2010 werden de eerste stappen gezet om te komen tot een trilaterale kennisagenda. Toen werd de brochure 'Towards a trilateral research agenda for the Wadden Area' tijdens de 11e trilaterale ministersconferentie op van 17 tot 19 maart 2010 door secretaris Klaas Deen aangeboden aan staatssecretaris Ursula Heinen-Esser van het Federale Ministerie van Milieu (Duitsland), Karen Ellemann, Minister van milieu, (Denemarken) en Gerda Verburg, toenmalig minister van Landbouw Natuur en Voedselkwaliteit (Nederland).
In 2015 gaf de Wadden Sea Board opdracht aan de Waddenacademie om, in nauwe samenwerking met het Common Wadden Sea Secretariat, een trilaterale kennisagenda te ontwikkelen. De trilaterale kennisagenda, waarvan het concept zal worden besproken tijdens het '14th International Scientific Wadden Sea Symposium' in mei 2017 in het Deense Toender, zal worden aangeboden aan Co Verdaas, voorzitter van de Wadden Sea Board, tijdens de 12e trilaterale ministersconferentie, die medio 2018 in Nederland zal worden gehouden.