In 2008 is de Waddenacademie als een KNAW instituut ingesteld om mede invulling te geven aan de vierde doelstelling van het Waddenfonds: “het ontwikkelen van een duurzame kennishuishouding ten aanzien van het Waddengebied”. De oprichting van de Waddenacademie vloeide voort uit de Wet op het Waddenfonds in 2007, waarbij € 677,6 miljoen vanuit het ministerie van VROM werd gealloceerd voor de periode 2007 - 2026. De kerntaken van de Waddenacademie bestonden uit agenderen, programmeren & informeren. De Waddenacademie verricht zelf geen onderzoek, maar stimuleert wel onderzoek van anderen.

In 2012 heeft het Rijk het Waddenfonds gedecentraliseerd naar de Waddenprovincies, waardoor de Waddenacademie hierna inhoudelijke en financiële verantwoordelijkheid diende af te leggen aan de Provincies Noord-Holland, Fryslân en Groningen. Na de decentralisatie bleven de bestedingsdoelen van het Waddenfonds (waaronder de vierde doelstelling) gehandhaafd. In 2014 werd de Waddenacademie een onafhankelijke stichting, waarbij de doelstelling, kerntaken en wijze van financiering t.o.v. de eerdere jaren onveranderd bleven. In 2016 heeft het Waddenfonds een extra kerntaak aan de Waddenacademie gegeven: monitoren, oftewel het in kaart brengen, bewaken van de wetenschappelijke kwaliteit en duiden van langjarige ecologische, economische en sociaal-culturele ontwikkelingen in het Waddengebied op basis van kennisbehoeften vanuit beheer, beleid en wetenschap.

In 2021 werd het Bestuurlijk Overleg Waddengebied (BOW; bestaande uit ministeries, provincies, gemeentes & waterschappen) gezamenlijk opdrachtgever voor een duurzame kennishuishouding van het Waddengebied. Hierbij vroeg het BOW aan de Waddenacademie zich om te vormen tot onafhankelijke Kennisregisseur Waddengebied door een Eindbeeld gevolgd door een Meerjarig Operationeel Plan (MOP) inclusief een meerjarige begroting ter goedkeuring voor te leggen. Na de aanbieding van het MOP is er een Aanscherping uitgevoerd, met de opdracht om het in het MOP gevraagde jaarlijkse bedrag terug te brengen tot de door het Waddenfonds beschikbaar gestelde bedrag (van 1.1 miljoen per jaar). Hiermee is ook een aantal taken uit de MOP komen te vervallen.

Het Eindbeeld, de MOP en de Aanscherping zijn geschreven in nauw overleg met de leden van de werkgroep Kennishuishouding (Eindbeeld, MOP) en de leden van werkgroep Herijking (Aanscherping), waarin de voor het Waddengebied verantwoordelijke belanghebbenden op het kennisdomein waren vertegenwoordigd.

Eind 2022 is het uiteindelijke voorstel voor de invulling van de rol als Kennisregisseur Waddengebied met een bijbehorende begroting (na een verzoek tot aanscherping in de zomer van 2022) door het BOW goedgekeurd.