Met het gereedkomen van de Afsluitdijk in 1932 ontstond het IJsselmeer. In de jaren die er op volgden, varieerde de waterkwaliteit van het meer flink. Paleo-ecologen hebben diens historie gereconstrueerd aan de hand van veranderingen in de soortensamenstelling van kiezelalgen oftewel diatomeeën in de bodem. Zij constateren dat het IJsselmeer begin jaren veertig al een fosfaatrijke periode kende.

De paleo-ecologen analyseerden een boorkern van ruim een halve meter lengte die zij hadden gestoken ter hoogte van de Wieringermeerpolder (afbeelding 1). Ondieper dan elf centimeter troffen ze stuifmeelkorrels van maïs aan. Dat was een mooie steun bij de datering van de kern, want de grootschalige verbouwing van maïs begon pas in de jaren tachtig. Diep in de bodem zat een zandlaag met resten van mariene algen en mosselen: tekenen van de toen nog zoute Zuiderzee. In lagen van na de afsluiting zaten geen resten van mariene organismen meer.

Het voorkomen van diatomeeën in de bodem gaf informatie over de veranderingen in het zout- en fosfaatgehalte. Diatomeeën zijn microscopisch kleine eencellige algen met schitterend gevormde, glasachtige skeletjes die goed bewaard blijven. In de diepste delen van de boorkern zaten vrijwel uitsluitend restanten van mariene diatomeeën en soorten die in brak water leven (afbeelding 2). In de bovenste veertig centimeter waren logischerwijs juist veel zoetwatersoorten aanwezig (afbeelding 3).

Een kiezelalg die de voorkeur geeft aan fosfaatarm water, Aulacoseira subarctica, werd vooral aangetroffen in sedimentlagen uit de perioden 1935-1939 en 1946-1960. Soorten die bekend staan als eutroof, wat betekent dat ze vooral goed groeien bij hoge nutriëntenconcentraties, waren in de rest van de kern veel te vinden. Dus ook in de periode 1940-1945, wat er op duidt dat het fosfaatgehalte ook toen hoog was. De meest waarschijnlijke verklaring hiervoor is dat door veranderingen in ondermeer het zoutgehalte en de zuurgraad van het water - als gevolg van de afsluiting - er veel fosfaat uit de bodem werd losgemaakt.

In principe zouden historische veranderingen in eigenschappen van het water in de Waddenzee ook met dit type onderzoek kunnen worden gereconstrueerd. Alleen zouden daar zandverplaatsingen door de sterke stroming het beeld kunnen hebben vertroebeld.