Parasieten komen overal voor, ook in de Waddenzee.  Ze infecteren slakken, schelpdieren, vogels en vissen. Via deze gastheren beïnvloeden zij het ecosysteem. Ondanks een aantal verschuivingen in de populaties van vogels en vissen en het verdwijnen van een aantal gastheren, is het voorkomen van parasieten in de Waddenzee de laatste veertig jaar nauwelijks veranderd.

Parasieten komen in allerlei vormen en maten voor. De lintworm is mogelijk de meest bekende. Maar ook kleine kreefjes die zich nestelen in de kieuwen van vissen zijn een soort parasiet. De grootste groep in de Waddenzee wordt gevormd door wormachtige organismen. Deze wormpjes doorlopen verschillende levensstadia, met wisselende gastheren. Slakken vormen meestal de eerste gastheer. Vanuit het zeewater dringen de larfjes van de wormpjes het lichaam van een slak binnen. Hier worden de larven groter en delen zich. Vervolgens verplaatsen ze zich naar mosselen (zie Muiltje voorkomt voetinfectie mossel), kokkels en andere kleine organismen. In deze tweede gastheer ondergaat de larf een nieuwe ontwikkeling. Vogels en vissen die de kleinere beesten opeten, vormen de derde gastheer. Hier groeit de larf uit tot een volwassen worm die zich voortplant en eitjes produceert. De eitjes komen vervolgens via de uitwerpselen van de vogels en vissen in het zeewater terecht. Nieuwe larfjes kruipen uit het ei, en zo is de cyclus rond.

In de afgelopen veertig jaar hebben zich in de Waddenzee veel veranderingen voorgedaan. Het zeewater is steeds warmer en zoeter geworden, het geulen- en platenstelsel is ingrijpend veranderd en de Waddenzee is decennialang overbevist. Al deze invloeden hebben geleid tot verschuivingen in vogel- en vispopulaties. Echter, de parasieten blijken hierdoor nauwelijks te zijn beïnvloed. Er komen thans dezelfde soorten, en in vergelijkbare hoeveelheden, in de Waddenzee voor als vroeger.
Parasieten zijn waarschijnlijk ongevoeliger voor alle veranderingen in hun omgeving, doordat zij gebruikmaken van zo veel verschillende gastheren. De Waddenzee is rijk aan soorten; bij het wegvallen van de ene gastheer kan een parasiet zichzelf waarschijnlijk redden door op een andere gastheer over te gaan. Anderzijds heeft de komst van nieuwe gastheren niet geleid tot de introductie van nieuwe parasieten. Parasieten laten zich blijkbaar niet zomaar verplaatsen, daarvoor is hun levenscyclus mogelijk te complex.

Parasieten zijn altijd aanwezig; er is waarschijnlijk geen beest in de Waddenzee zonder parasiet. Gezonde dieren hebben daar geen problemen mee. Maar bij stress, kou of honger kunnen de parasieten de gezondheid van hun gastheer ernstig schade toebrengen. Het bestrijden van de parasiet kost dan soms zo veel energie dat de gastheer zó verzwakt raakt dat hij sterft.
Verhoogde sterfte kan ook optreden wanneer de parasiet onverwacht snel groeit. Parasieten houden van hogere temperaturen, en kunnen in warme zomers explosief toenemen. Zo trad in de zomer van 1990 massale sterfte op van een garnaaltje (Corophium volutator) dat was geïnfecteerd met een parasiet. De gevolgen werden drie maanden later zichtbaar. Corophium bouwt namelijk tunnels die ze bekleedt met een cementlaagje van zand en schelpen. Deze tunnels dragen bij aan de stabiliteit van de wadbodem (zie ook De projectontwikkelaars van het wad). Door het verdwijnen van de garnaaltjes raakte de bodem gevoelig voor erosie, met zichtbare gevolgen voor de wadplaten.
Dergelijke gebeurtenissen zijn zeldzaam, maar illustreren goed hoe alle soorten in de Waddenzee met elkaar en hun omgeving in bijzondere samenhang leven.