Door verlegging en verzanding van geulen wordt er op een aantal intensief bevaren plaatsen in de Waddenzee steeds meer gebaggerd. In de nabije toekomst zullen ingrijpende beslissingen genomen moeten worden om het baggeren binnen de perken te houden.

Rijkswaterstaat is verantwoordelijk voor het dagelijks beheer van de vaarwegen en een deel van de havens in de Waddenzee. Een belangrijk onderdeel is het vaargeulonderhoud. Minstens een keer per jaar wordt de diepte van vaargeulen naar eilanden en havens gemeten. Te ondiepe stukken worden uitgebaggerd.

Op een aantal locaties is gebleken dat het onderhoudsbaggerwerk blijft toenemen. Dat is vooral het geval op de veerverbinding Holwerd-Ameland en in de Boontjes, de geul tussen Harlingen en Kornwerderzand. Dit komt door morfologische veranderingen in de Waddenzee. Bedijkingen, landaanwinningswerken en vooral de aanleg van de Afsluitdijk (in 1932) en de Lauwersmeerdijk (in 1969) hebben geleid tot een verlegging en verondieping van een aantal geulen.

Meer baggerwerk kan in de nabije toekomst leiden tot een overschrijding van de toegestane baggerhoeveelheid, zoals is bepaald in het Natura2000 Beheerplan Waddenzee. Dan zal opnieuw getoetst moeten worden wat de effecten van het baggeren zijn op het ecosysteem van de Waddenzee.

Conform het Besluit bodemkwaliteit (Bbk) worden alle baggerlocaties bemonsterd en wordt de baggerspecie onderzocht op de aanwezigheid van een groot aantal verontreinigende stoffen, zoals zware metalen, polychloorbifenylen (PCB’s), polycyclische aromatische koolwaterstoffen (PAK’s), minerale oliën en Tributyltinhydride (TBT).

Van deze laatste stof is vastgesteld dat deze schade toebrengt aan zeeorganismen. TBT kan bijvoorbeeld leiden tot onvruchtbaarheid bij weekdieren, zoal de wulk. Daarom is toepassing van deze stof, die voorheen veel in verf voor scheepsrompen werd gebruikt om de aangroei van algen en zeepokken tegen te gaan, sinds 2008 verboden.

In de praktijk is de kwaliteit van de specie in de geulen vrijwel altijd goed, mede door de invloed van het getij. In havens is weinig doorstroming en soms wel industriële activiteit. Daarom moet de baggerspecie uit de havens van Den Oever, Harlingen en Lauwersoog (in beheer van een aantal gemeenten) eerst gesaneerd worden, voordat deze verspreid wordt.