In de jaren zeventig waren konijnen talrijk op Vlieland, maar nu niet meer. De lage konijnstand heeft geleid tot verruiging van de duinen. Grote grazers zijn ingezet om de rol van het konijn over te nemen. En met succes, laat onderzoek op Vlieland zien. 

Na de laatste ijstijd verdwenen de konijnen door de koude weersomstandigheden uit Nederland. Vanaf de dertiende eeuw werd het konijn vanuit Spanje geherintroduceerd voor bont en vlees. Ook op de eilanden gebeurde dit. Op Texel werden konijnen zelfs gefokt. Doordat natuurlijke predatoren ontbraken, groeiden de populaties op de eilanden explosief. De zeeweringen (duinen en dijken) werden aangetast door het graven van holen en grazen van begroeiing. Gevolg was dat konijnen werden bejaagd.

De laatste vijftig jaar is de populatie konijnen onder invloed van de uitbraak van twee opeenvolgende ziektes ingrijpend veranderd. Het begon met de uitbraak van myxomatose. Een arts in Frankrijk had overlast van konijnen en in 1952 introduceerde hij het Zuid-Amerikaanse virus in Europa. Het virus wordt op konijnen overgedragen door de konijnenvlo Spilopsyllus cuniculi. Na infectie zwellen alle slijmvliezen op en raken de ogen ontstoken. Gevolg is een langzame en pijnlijke dood. Het eerste zieke konijn in Nederland overleed in september 1953 en vier jaar later was 99,9 % van de populatie gestorven. In de volgende decennia is het virus zwakker geworden. Myxomatose trad niet overal meer op, de sterfte daalde tot 50 % en sommige konijnen wisten ook het virus te overleven. 

Sinds 1990 houdt het zeer besmettelijke Viraal Hemorragisch Syndroom (VHS) flink huis onder konijnen. Overdracht tussen konijnen vindt direct plaats via mond of neus, maar ook indirect via keutels. Gebieden kunnen langdurig besmet blijven doordat het virus in keutels lang blijft leven. Konijnen lijken uitwendig gezond, maar zijn het niet. Inwendig vinden bloedingen plaats, raken de lever en milt ontstoken en komt er bloed in de longen terecht. Hierdoor kan er ineens sterfte optreden en kunnen konijnen dood van het duin vallen.

De ziektes hebben een belangrijke functie of niche van het konijn in duinecosystemen blootgelegd. Konijnen dragen bij aan een gevarieerd duinlandschap door te grazen, te bemesten (latrines), het duin te betreden en door het graven van holen. Door de sterke afname van de konijnenstand hebben planten alle ruimte gekregen om te groeien. De hoogte en de dichtheid van de vegetatie is toegenomen, maar dit komt niet alleen door de afwezigheid van konijnen. Ook de verrijking van de nutriëntarme duinecosystemen als gevolg van bemesting, verzuring en verdroging heeft hieraan bijgedragen. Snelgroeiende grassen zorgden voor een vergrassing van de duingebieden. De overgebleven konijnen bleken niet in staat om het grasoverschot weg te eten. Door de afname van de konijnenstand is het aantal holen ook minder geworden. Duinvogels, zoals bergeend en tapuit, broeden in deze holen en voor deze soorten is de nestgelegenheid afgenomen. 

Bomen hebben ook meer kansen gekregen in de duinen. De verbossing is een bedreiging voor de grijze duinen in de gehele internationale Waddenzee. Grijze duinen zijn vastgelegde kustduinen met een kruidvegetatie. Het Nederlandse aandeel in Europa is van zeer grote betekenis. Het areaal aan grijze duinen is hier groot. Kenmerkend zijn een paar endemische plantengemeenschappen die alleen in Nederland voorkomen. De verbossing vindt plaats door zowel inheemse als exotische bomen. De verbossing leidt tot een afname van de biodiversiteit. Hiermee veranderen ook fysische omstandigheden in de kenmerkende open duingraslanden met ophoping van organisch stof, hogere wateropslag en verandering van de chemische samenstelling van de bodem. Gevolg is dat de biomassa van de vegetatie steeds verder toeneemt. Uiteindelijk wordt het eindstadium bereikt van duinvalleien met struiken en bos.

Op Vlieland heeft Staatsbosbeheer in de jaren negentig besloten om de teloorgang van de karakteristieke duinen tegen te gaan. Tussen Lange Paal en Nieuwe Kooi zijn de duinen afgerasterd en is een kleine kudde Schotse Hooglanders aan het werk gezet. Met een experimentele aanpak is nagegaan of de koeien inderdaad doen waarvoor ze zijn ingehuurd. Hiervoor zijn in dit zogenaamde begrazingsgebied een aantal plots aangelegd waarin geen begrazing plaats heeft gevonden. Vijftien jaar later zijn de effecten van begrazing duidelijk zichtbaar (zie figuur 1). In de onbegraasde plots zijn kruipwilg, Amerikaanse vogelkers en braam nog aanwezig, maar in de rest van het gebied zijn ze verdwenen. Door de grote grazers is dus voorkomen dat de duinen in bos zijn veranderd.