Door intensief onderzoek is zo langzamerhand het voedselweb in de Waddenzee aardig ontrafeld. Maar over een belangrijk onderdeel, de verspreiding en effecten van de vele soorten parasieten in de Waddenzee, ontbreekt nog de nodige kennis. Vooral op schelpdierpopulaties kunnen parasieten als zuigwormen een grote invloed uitoefenen. Exotische nieuwkomers als de Japanse oester lijken gunstig uit te werken op het aantal parasitaire infecties.

Parasieten zijn organismen die voor hun voortbestaan volledig afhankelijk zijn van de gastheer waarvan zij leven en deze enige vorm van schade toe brengen. Vele vormen en soorten parasieten komen voor in de vogels en schelpdieren die de Waddenzee bevolken (zie ook Wadweten Parasieten en wadplaten). Het best bestudeerd zijn de parasieten van de schelpdieren, waarvan de trematoden of zuigwormen de bekendste groep zijn. Deze parasitaire wormen kennen een ingewikkelde levenscyclus. Vogels of grote schelpdieren zijn de gastheer voor de volwassen wormen. Die produceren eieren die zich in het water tot vrij levende larven ontwikkelen. Deze infecteren een tussengastheer, over het algemeen een schelpdier. Daarin ontwikkelen ze zich tot cercaria-larven die uiteindelijk weer de eindgastheer, vogel of groot schelpdier, infecteren.

Sommige soorten zuigwormen kunnen ernstige ziektes veroorzaken. Bijvoorbeeld Bilharzia in de tropen of de leverbotziekte bij vee in onze streken. De zuigwormen in de Waddenzee zijn niet gevaarlijk voor de mens maar kunnen wel van invloed zijn op bijvoorbeeld de schelpdierbestanden.  Een aantal malen is een grote sterfte onder kokkels vastgesteld door een parasitaire infectie met de zuigworm Gymnophallus choledochus. Ook de massale sterfte van het wadslakje in de Deense Waddenzee werd gerelateerd aan een infectie met zuigwormen. De sterfte deed zich in de zomermaanden voor, waaruit afgeleid kan worden dat een hoge watertemperatuur een belangrijke ‘trigger’ is voor dit fenomeen. Massale sterfte is een extreem effect van de parasitaire infecties. Maar ook zonder sterfte te veroorzaken kunnen parasieten van invloed zijn. Zo blijkt uit laboratoriumexperimenten dat niet geïnfecteerde alikruiken 65% meer algen grazen dan geïnfecteerde exemplaren. Door parasitaire infecties worden dieren ook kwetsbaarder. Alikruiken met wormen hebben een minder sterke schelp en vallen eerder ten prooi aan krabben. Geïnfecteerde kokkels kunnen zich minder diep in de wadbodem ingraven en worden eerder opgegeten door wadvogels.

Exotische nieuwkomers in de Waddenzee als het muiltje, Japanse oester en het Japans bessenwier lijken een gunstige invloed te hebben op de parasitaire infecties van de schelpdieren in de Waddenzee (zie ook Wadweten Muiltje voorkomt voetinfectie bij mossel . Uit recente laboratoriumexperimenten  blijkt dat de nieuwkomers het aantal vrij levende larven van de parasitaire wormen, en daarmee de infecties, sterk kunnen verminderen. Zo fungeren het Japans bessenwier en de schelpen van de Japanse oester als een fysieke barrière voor de larven die op zoek zijn naar hun eindgastheer. De Japanse oesters filteren de larven uit het water hetgeen resulteert in een afname van bijna 70%. De conclusie dringt zich op dat de toename van de biodiversiteit van de Waddenzee door de komst van de exotische nieuwkomers het aantal parasitaire infecties vermindert. Maar ook onder de parasitaire organismen doet zich het fenomeen voor van door menselijk handelen veroorzaakte invasies van exoten. Zo is onlangs het voorkomen van het parasitaire kreeftje Mytilicola orientalis in mosselen en Japanse oesters vastgesteld. Deze parasiet is met de Japanse oester meegekomen. Van een nauw verwante soort , Mytilicola intestinalis, is bekend dat deze een grote sterfte onder mosselen kan veroorzaken. Of dit voor de nieuwkomer ook geldt zal nader onderzoek moeten uitwijzen.