Een eeuw geleden woedde de Eerste Wereldoorlog. Nederland bleef neutraal, maar had de Nederlandse Land- en Zeemacht gemobiliseerd. De marine bewaakte de Nederlandse kusten en eilanden. Ook op Rottumeroog werd een detachement van het Korps mariniers gelegerd, tot grote zorg van de Nederlandse natuurorganisaties. Zij vreesden voor verstoring van de broedvogels op het kwetsbare eiland.

Na het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog arriveren in augustus 1914 de eerste militairen op Rottumeroog. Men begint met de bouw van barakken en er wordt een telefoonverbinding naar Schiermonnikoog aangelegd. Eind 1914 neemt het Korps Mariniers de bewaking van het eiland op zich. Ze moeten de scheepsbewegingen in het Eems-estuarium, en vijandelijke activiteit op het eiland Borkum en in het luchtruim in de gaten houden. In totaal zijn 135 manschappen op Rottum gelegerd die patrouilleren en een dagelijkse sloependienst naar Noordpolderzijl onderhouden. Het dichtbij gelegen Borkum wordt als grootste bedreiging gezien aangezien zich daar drie kustbatterijen met elk zes stuks artillerie bevinden en militaire vliegtuigen en zeppelins het Duitse eiland als thuisbasis gebruiken. Tot incidenten is het echter nooit gekomen. Wel annexeren de Duitsers in 1917 het ten noorden van Rottumeroog gelegen Huibertgat omdat Engelse onderzeeërs die diepe geul gebruiken. Maar tegen deze oorlogsdaad wil of kan Nederland niet optreden.

Vanaf het eerste moment van de mobilisatie maken de Nederlandse natuurorganisaties zich zorgen over de gevolgen van de militaire aanwezigheid voor de Nederlandse natuur. Ook de legerleiding lijkt zich ervan bewust dat gedurende de lange tijd van mobilisatie de militairen schade aan kwetsbare natuur kunnen berokkenen. Op verzoek van de Commandant van de Stelling Den Helder, die ook over de Waddeneilanden bevel voert, gaat de hulpsecretaris J. Drijver in het voorjaar van 1915 met ‘lantaarn en lichtbeelden’ naar Rottumeroog om de militairen voor te lichten en de vogelstand te inventariseren. Met de voogd Toxopeus constateert hij dat de vogelstand te lijden heeft van het grote aantal mensen op het eiland. Zo hebben de zeezwaluwen (grote sterns) het eiland verlaten en zich gevestigd op Griend. De grote kolonie zilvermeeuwen lijkt het wel goed te doen. Ondanks de voorlichting met lichtbeelden aan de mariniers op Rottumeroog blijven in de loop van 1915 berichten komen over grote verstoringen van de broedvogels op het eiland. Het rapen van de eieren is een welkome aanvulling op het karige rantsoen van de mariniers.

Eind 1915 klimt J.P. Thijsse nogmaals in de pen om zijn zorgen over de militaire aanwezigheid op de eilanden te uiten. Hij hoopt op een snelle vrede, zodat de vogelbevolking zich snel kan herstellen. Daarnaast roemt hij de Duitsers die ‘met kracht het werk der vogelbescherming ter hand hebben genomen’. Opvallend is dat hij daarbij het ‘te eizoek’ gaan van de plaatselijke bevolking als grotere bedreiging ziet dan ‘het tijdelijk doen en drijven van de landstormmannetjes op Rottum.’ In 1916 stelt, naar aanleiding van een klacht van de Nederlandse Ornithologische Vereniging, uiteindelijk de Opperbevelhebber van Land- en Zeemacht een onderzoek in en verbiedt het rapen van de eieren. Overigens onder protest van de mariniers die aangeven dat het vooral de knechten van Toxopeus zijn die de eieren rapen en voor zeven cent per stuk aan de militairen verkopen. Ondanks dit verbod eisen de volgende oorlogsjaren ook hun tol onder de vogels. De (illegale) vogelexport blijft toenemen en door voedselschaarste in het laatste oorlogsjaar 1918 worden veel vogels gevangen en grote hoeveelheden eieren geraapt.