De bodemsamenstelling verschilt in de Waddenzee van plek tot plek. Er zijn wadplaten met grofkorrelig zand maar ook heel slikkige stukken met fijn slib. De oorsprong van de zand- en slibdeeltjes verschilt: het zand is tijdens de ijstijden afgezet terwijl het meeste slib is aangevoerd door rivieren uit de regio, met in de westelijke Waddenzee een grote bijdrage van de Rijn!

Het overgrote deel van het zand op de bodem van de Waddenzee bestaat uit pleistoceen zand. Dat is zand dat is gevormd tijdens de ijstijden door de werking van de ijskap die toen de regio bedekte. Het verplaatst zich tussen de Waddenzee, de Noordzeestranden van de eilanden en de voordelta’s voor de zeegaten. Het waddengebied vormt wat betreft zand met het eromheen gelegen deel van de Noordzee tot 20m diepte een bijna gesloten systeem. Dit betekent dat het aanwezige zand wel wordt omgewerkt en zich heen en weer verplaatst, maar dat slechts een klein deel het gebied verlaat. Er is een kleine verplaatsing van zand van west naar oost langs de Waddeneilanden van Nederland en de Duitse deelstaat Nedersaksen. Verder is er een klein netto transport van noord naar zuid langs de noordelijkste Waddeneilanden van Duitsland en die van Denemarken.

De fijne slibdeeltjes worden hoofdzakelijk aangevoerd door rivieren. Hun aandeel bedraagt slechts circa 10% van het waddensediment. Er is in het verleden op verschillende manieren geprobeerd om achter de herkomst van het waddenslib op diverse plekken in de internationale Waddenzee te komen. Het meten van het mangaangehalte is een van de eerste technieken die hiervoor is ontwikkeld. Dit gehalte verschilt per rivier, en rivieren hebben een veel hoger mangaangehalte dan bijvoorbeeld oudere kleiafzettingen. In de jaren negentig hebben wetenschappers door natuurlijke radionucliden (radioactieve isotopen) van 40K (kalium), 238U (uranium) en 232Th (thorium) als tracer te gebruiken nog nauwkeuriger vast kunnen stellen waar het slib vandaan komt. Elke rivier heeft namelijk een heel duidelijke eigen fingerprint voor de relatieve aanwezigheid van deze radionucliden. 

Uit het onderzoek bleek dat het slib vanuit vele rivieren wordt aangevoerd. De Duitse rivieren Eems, Weser, Elbe en Eider en de Deense Varde Å en het IJsselmeer voeren direct slib af op de Waddenzee via de mondingen of via sluizen. Uit Maas en Rijn komen miljoenen tonnen deeltjes, die door de heersende stromingen langs de Nederlandse kust worden meegevoerd en deels via het Marsdiep in het waddengebied terecht komen. In het geval van de Rijn komt ook een deel via IJssel en IJsselmeer in de Waddenzee. Naar schatting maar liefst de helft van het door de Rijn afgevoerde slib komt langs deze wegen in de westelijke Waddenzee. In de oostelijke Waddenzee is in en nabij de Eems-Dollard de rivier de Eems de belangrijkste bron van slib. In de Duitse Waddenzee leveren Weser en Elbe grote bijdragen aan het bodemslib. Het slib dat aangetroffen wordt langs de westelijke kust van de Duitse Deelstaat Sleeswijk-Holstein heeft een complexere herkomst. Een deel is afkomstig van de Elbe, maar een ander deel moet afkomstig zijn van oudere mariene kleilagen die in het Holoceen zijn afgezet en zijn losgekomen door erosie.

Een opmerkelijke, door menselijke activiteit ontstane, bron van slib is baggerspecie. Dit is de mix van water en slib die ontstaat bij het baggeren van bijvoorbeeld dichtslibbende havens. Van de baggerspecie die de afgelopen decennia op aangewezen plekken werd gedumpt langs de Hollandse kust, kwam naar schatting de helft terecht in de Waddenzee. Pieken in het dumpen van baggerspecie werden direct terug gezien in de hoeveelheden slibdeeltjes die via de Noordzee de Waddenzee in werden getransporteerd. De dumplocatie die in 1995 werd aangewezen zou volgens modelberekeningen tot minder aanvoer naar de Waddenzee moeten hebben geleid. Dit is echter nooit met waarnemingen gestaafd.