Naast de grote barrière-eilanden zoals Texel, Vlieland, Terschelling, Ameland en Schiermonnikoog, zijn er in het internationale waddengebied meer dan zestig kleinere eilandjes. Ze variëren van kale zandplaten tot grotere bewoonde eilandjes zoals een aantal Halligen in Duitsland. Wetenschappers pleiten voor een geïntegreerd beheer van deze pareltjes.

De eilandjes liggen deels tussen de vastelandskust en de rij barrière-eilanden en deels nabij de zeegaten tussen deze eilanden. In het vorig jaar verschenen Wadden Sea Quality Status Report zijn de eilandjes onderverdeeld in een zevental categorieën die hieronder kort worden behandeld. Enkele van hen vallen onder meerdere categorieën.

1. Overblijfselen van hoger gelegen gebieden. De vele, deels bewoonde, Halligen in het noordelijke deel van het Duitse waddengebied zijn wel echte eilandjes die tot deze categorie behoren. Ze danken hun stabiliteit aan relatief hoog liggende morenes. Dit zijn ruggen die in het geologische verleden zijn gevormd door gletsjers. 

2. Eilandjes die zich in een buitendelta vormen. Een buitendelta bestaat uit ondieptes aan de zeezijde van de zeegaten tussen de eilanden, of bij de monding van een rivier. Op sommige plekken zijn eilandjes ontstaan die niet meer onderlopen zoals de Razende Bol of Noorderhaaks, die onderdeel is van de buitendelta van het Marsdiep. Rottumerplaat en Noordrif (nu onderdeel van Rottumeroog) vormden zich ook in een buitendelta.

3. Kortstondig bestaande eilandjes/zandbanken in de Duitse Bocht, waar de Jade, de Weser en de Elbe uitmonden in de Waddenzee. Hier is een grote getijslag. De eilandjes hebben niet het potentieel om grotere duinen te vormen. Met name de eilandjes diep in de Duitse Bocht zijn zo klein dat ze heel onstabiel zijn.

4. Eilandjes die zich in de binnendelta of het zeegat hebben gevormd zoals de Koffieboonplaat bij de oostpunt van Terschelling. Voorbeelden in Duitsland zijn Kachelotplate (in 2003 als eiland erkend) en Memmert ten zuidwesten van het eiland Juist, en Mellum. Dat laatste eilandje ligt ten zuidoosten van Wangerooge, tussen de mondingen van de Jade en de Weser.

5. Eilandjes die een onderdeel vormden van de keten van grote barrière-eilanden maar geleidelijk aan erodeerden. Een voorbeeld is Rottumeroog. Dat is sinds 1500 kleiner aan het worden en zich in zuidelijke richting aan het verplaatsen. Engelsmanplaat, tussen Ameland en Schiermonnikoog, heeft een vergelijkbare ontstaansgeschiedenis maar is formeel een zandplaat omdat het te klein is om aan de definitie van eiland te voldoen. Het voormalige Duitse Waddeneiland Buise was ook onderdeel van de rij barrière-eilanden. Het viel echter in twee delen uiteen in 1362. Het westelijk deel verdween in de tweede helft van de 17e eeuw, het oostelijk deel heet nu Norderney.

6. Kunstmatige eilandjes zoals de in de 19e eeuw in de monding van de Weser aangelegde eilandjes Langlütjen I en II, Nigehörn. Eilandjes die tenminste deels zijn hersteld, zoals Griend, behoren ook tot deze categorie. Griend is een stormvloedschoorwaleiland, gevormd door het door stormen opgeworpen zand- en schelpmateriaal (zie ook WadWeten: Griend een stormvloedschoorwaleiland wat een extra categorie zou kunnen zijn.

7. Estuariene eilandjes, die in het brakke (zout-zoete) deel liggen van de monding van rivieren die op de Waddenzee uitkomen.

Van een deel van de eilandjes is de ontstaansgeschiedenis en de ecologische ontwikkeling tot in detail bekend. Sommige worden al 120 jaar gemonitord. Wat echter volgens de auteurs van de QSR ontbreekt, is een samenhangende beheerstrategie van deze kleine pareltjes. Hierbij zou rekening gehouden moeten worden met de ecologie, geomorfologie en kustveiligheid. Een deel van de eilanden vormen een belangrijke rustplaats voor zeehonden en vogels en genieten al bijzondere bescherming.