In 2024 heeft de Waddenacademie gewerkt aan het opstellen van haar duurzaamheidsbeleid en, kwaliteitsmanagement. Deze documenten zijn opgesteld om die onderwerpen inzichtelijker te maken en worden toegepast in de offertetrajecten. Op verzoek zijn deze documenten beschikbaar.

Duurzaamheidsbeleid

De Waddenacademie zet zich in voor een duurzame kennishuishouding voor het Waddengebied en werkt aan relevante thema’s zoals klimaatverandering, zoetwaterhuishouding en biodiversiteit. De Waddenacademie hecht waarde aan duurzaamheid, goed werkgeverschap en transparantie. Toegangankelijkheid van de opgedane kennis voor een breed publiek vindt de Waddenacademie erg belangrijk. Daarom wordt de kennis van de Waddenacademie breed gedeeld door het organiseren van symposia, het publiceren van opiniestukken en de uitingen via de website en social media. Op onderwerpen als klimaat, circulariteit, diversiteit en milieu zijn er een aanvullend een aantal concrete acties die de Waddenacademie doet zoals het verduurzamen van het kantoor en het schenken van verantwoorde kerstpakketten. 

Kwaliteitsmanagement

De Waddenacademie is benoemd als Kennisregisseur van het Waddengebied en op de hoogte van de best beschikbare kennis in het gebied, lopende wetenschappelijke studies ook binnen raakvlak projecten en van de verschillende leemten in kennis. De Waddenacademie werkt met een eigen kwaliteitsmanagement systeem en sinds het begin in 2008 volgens de wetenschappelijke gedragscode van de Universiteiten van Nederland (UNL, voorheen: Vereniging Samenwerkende Nederlandse Universiteiten, de VSNU) en de klachtenregeling van de KNAW. Er zijn geen klachten over wetenschappelijke integriteit ingediend jegens of door de Waddenacademie.

De Waddenacademie wordt elke vijf jaar beoordeeld door een externe evaluatiecommissie conform het evaluatieprotocol van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW),  De voorzitter en (meestal 2) leden van deze commissie worden door de KNAW benoemd. In het meest recente evaluatierapport (uit 2024) wordt gesteld dat de wetenschappelijke kwaliteit van het werk van de Waddenacademie over het algemeen zeer hoog gewaardeerd wordt. De uitgangspunten die de Waddenacademie hanteert in haar kwaliteitsmanagement betreffen onder andere goed projectmanagement en de inzet van een deskundig team.