Als uitvloeisel van de missie heeft de Waddenacademie de volgende taken:

• Agenderen: het op de bestuurlijke en wetenschappelijke agenda zetten van onderzoeksvragen die voor een economisch en ecologisch verantwoorde toekomst van het waddengebied relevant zijn. Meer informatie vindt u in de Integrale kennisagenda
• Programmeren: het stimuleren van een goede samenhang tussen regionaal, nationaal en internationaal waddenonderzoek; Meer informatie vindt u in Onderzoeksprogrammering
• Informeren: het op een toegankelijke en verantwoorde wijze naar buiten brengen van de resultaten van waddenonderzoek. Meer informatie vindt u in Informeren
• Monitoren: het in kaart brengen en duiden van langjarige ontwikkelingen in het waddengebied in het ecologisch, economisch en sociaal-cultureel domein op basis van kennisbehoeften vanuit beheer, beleid en wetenschap. Meer informatie vindt u in Monitoren