Marine benthic metabarcoding

Anthropogenic effects on benthic diversity from shore to deep-sea; assessed by metabarcoding and traditional taxonomy

Auteur: Lise Klunder
Datum: 30 oktober 2020
Universiteit: Rijksuniversiteit Groningen

DNA metabarcoding om mariene bentische biodiversiteit te analyseren

Marien benthische biodiversiteit, de diversiteit aan soorten die in de zeebodem leven, is van grote waarde voor het mariene ecosysteem. Echter, deze benthische biodiversiteit wordt bedreigd door anthropogene invloeden zoals habitatsveranderingen, vervuiling en (over-)bevissing. Om te kunnen anticiperen op zulke invloeden is het belangrijk om verandering in de benthische biodiversiteit te kunnen meten. Traditionele methodes, gebaseerd op morphologische taxonomie zijn vaak tijd-rovend en vereist een uitgebreide taxonomische kennis. In het afgelopen decennium zijn moleculaire methodes, zoals DNA metabarcoding, ontwikkeld tot een alternatieve methode. In haar proefschrift heeft Lise Klunder onderzoek gedaan naar de toepassing van zulke metabarcoding methodes om de mariene bentische biodiversiteit te analyseren en menselijke invloeden op dit ecosysteem te kunnen meten. De resultaten in mijn proefschrift laten zien dat de metabarcoding methode een waardevolle methode is om antropogene effecten op de benthische biodiversiteit te bepalen. Vergeleken met traditionele morfologische werden met de metabarcoding methode dezelfde conclusies getrokken omtrent het antropogene effect. Met de metabarcoding methode was het bovendien mogelijk om dit effect voor een grotere groep soorten te laten zien. Echter, de metabarcoding methode heeft ook een aantal nadelen ten opzichte van de traditionele morfologische methode. Zo is het bijvoorbeeld lastig om soortgroepen te kwantificeren op zowel abundantie als biomassa en kunnen door hiaten in de referentie databank niet altijd alle DNA-sequenties worden vertaald in een taxonomische groep. De methode ontwikkelt zich nog altijd erg snel, en deze snelle ontwikkelingen zullen hopelijk in de toekomst huidige beperkingen overwinnen en de methode een nog waardevollere aanvulling in het werkveld maken.

Download: Marine benthic metabarcoding; Anthropogenic effects on benthic diversity from shore to deep-sea; assessed by metabarcoding and traditional taxonomy via the website van de RUG.