De Waddenzee is niet alleen een Natura 2000 gebied en een Werelderfgoed gebied maar kent ook een beschermde status onder een aantal andere internationale verdragen en EU-richtlijnen waaronder die van een internationaal wetland (Ramsar Conventie), beschermd zeegebied (OSPAR Conventie), en Emerald netwerk-gebied (Verdrag van Bern). Tevens is het gebied van groot belang voor de realisering van doelstellingen van andere verdragen, waaronder het Biodiversiteitsverdrag, het Europees landschapsverdrag, het Verdrag van Bonn, het trekvogelverdrag en het zeehondenverdrag. Door deze gelaagdheid van een groot aantal juridische beschermingsregimes bestaat bij velen geen helder beeld van de inhoud en de concrete consequenties van die regimes ten aanzien van de Waddenzee. Het verkrijgen van een dergelijk helder beeld is bovendien lastig omdat alle genoemde verdragen en EU-richtlijnen in veel opzichten van elkaar verschillen. 

Een helder beeld van de bestaande verplichtingen, verboden en te realiseren resultaten is echter wel van essentieel belang voor het evalueren van bestaand beleid, het uitdenken van nieuw beleid (bijv. in het kader van de ontwikkeling van een nieuw Beleidskader Natuur Waddenzee), het bepalen van het beheer voor het gebied (bijvoorbeeld in het kader van de ontwikkeling van een nieuw integraal beheerplan en herziening van het Natura 2000-beheerplan), voor het nadenken over de kennisagenda voor het gebied en voor de beoordeling van bestaande en nieuwe menselijke activiteiten. Onder leiding van de Waddenacademie is daarom op verzoek een overzicht gemaakt van de inhoud en concrete consequenties van deze internationale en Europese beschermingsregimes, resulterende in het rapport ‘De Europees- en Internationaalrechtelijke status van de Waddenzee’. Ook adviseert de Waddenacademie gevraagd en ongevraagd over deze kaders bij vraagstukken over natuurbescherming in relatie tot stikstof, gaswinning, stroomkabels, cumulatie en klimaatverandering (zie figuur Activiteiten en samenwerkingen).