Voor het opkweken van mosselen hebben de telers mosselbroed, oftewel mosselzaad, nodig. Dit zaad werd van oudsher gewoon van de wadbodem opgevist. Maar die visserij is schadelijk voor de leefgemeenschappen op de wadbodem. Vandaar dat is afgesproken de sector geleidelijk aan overschakelt op de oogst vanuit hangculturen. Ten langen leste moet op deze manier 40 miljoen kilo mosselzaad per jaar geoogst worden. Onderzoekers hebben uitgezocht wat voor invloed de cultuur in deze omvang zal hebben op het plankton in het waddensysteem.

In het voorjaar legt een mossel miljoenen eieren. De larven zweven eerst vrij in het water en vestigen zich, als ze niet worden opgegeten, op een geschikte plek. Als ze zijn uitgegroeid tot een mosseltje van één tot twee centimeter spreekt men van mosselzaad. Verticaal opgestelde touwen of netten blijken goede vestigingsplaatsen voor de larven. Met speciaal ontwikkelde machines kan het mosselzaad, als het de juiste grootte heeft bereikt, van de touwen geoogst worden (zie WadWeten Een houvast voor mosselen).

IMARES deed in 2007 onderzoek naar de beste plaatsen en methoden voor de invang van mosselzaad. De westelijke Waddenzee en de Voordelta blijken het meest geschikt te zijn. Rondom de MZI's verandert het zeeleven. De garnalenvissers vangen rond de MZI's extra veel garnalen. En er ontstaan spontane mosselbankjes omdat het zaad van de installaties af valt. Maar de invloed op het voedsel van de mosselen, het plankton, was nog niet bekend.

In een reeks experimenten heeft een onderzoeksteam van IMARES de filtratie en de uitscheiding van de mosselen in de hangculturen geanalyseerd. Zij maakte daarbij onderscheid tussen verschillende groepen micro-organismen. Het nanofytoplankton meet tussen de 3 en 20 micrometer. Het team maakte binnen die groep onderscheid tussen de autotrofe algen en de heterotrofe nanoflagellaten. Ongeveer even groot zijn de ciliaten, die ook wel trilhaardiertjes worden genoemd. Het picofytoplankton is kleiner dan 3 micrometer. Ook de bacteriën in het waddenwater werden in het onderzoek meegenomen.

Het waddenwater staat niet stil in de hangculturen. Het passeert de installaties met de getijdenstromen. In de experimenten van IMARES werd dit op laboratoriumschaal gesimuleerd door een mosselcultuur voor enkele uren in incubatievaten in planktonhoudend water te hangen. De jonge mosseltjes filterden vooral de grotere micro-organismen uit het waddenwater. Het picofytoplankton werd langzamer opgenomen, en de bacteriën nog langzamer. Dat de mosselen ook veel heterotrofe nanoflagellaten en ciliaten uit het water opnemen was een nieuwe ontdekking in het onderzoek. Het heeft veel gevolgen voor de korte termijneffecten op het systeem.

De heterotrofe nanoflagellaten en ciliaten doen zich normaal te goed aan het picofytoplankton en bacteriën. De grotere organismen worden door de mosseltjes weggefilterd, waardoor de kleinere algen aantal toenemen. De bacteriën groeien sneller als gevolg van de verhoogde beschikbaarheid van mosselpoep. Dit verschoven evenwicht is tijdelijk ongunstig voor de natuurlijke schelpdierbestanden, want die moeten het normaal gesproken ook van de grotere micro-organismen hebben. Maar nadat de watermassa de hangcultuur heeft gepasseerd kunnen de overgebleven grotere micro-organismen zich te goed doen aan de toegenomen hoeveelheden kleinere organismen. Het evenwicht tussen de verschillende planktongroepen herstelt zich op deze manier na vijf dagen bijna helemaal. Alleen de aantallen van het picofytoplankton blijven lager dan in een watermassa die de hangcultuur niet heeft gepasseerd.

Als er uiteindelijk 40 miljoen kilo mosselzaad in hangculturen wordt gekweekt zal er elke dag 3.2 procent van het water in de Westelijke Waddenzee door de hangculturen stromen. Vanaf het moment van hechting tot de oogst zal het mosselzaad naar schatting 15 procent van alle koolstof die in de Waddenkringloop circuleert omzetten. Bij deze omvang denken de wetenschappers  in dat er meetbare veranderingen zullen optreden in de microbiologie van het Waddenwater.